Los restos arqueológicos aparecidos indican que estas tierras estuvieron pobladas en época romana.
En 1186 aparece el primer documento donde se menciona la localidad con el nombre de "San Pelayo de Pedrezangas", que fue evolucionando hasta el de Perazancas con el que aparece en el Becerro de los Beneficios de Palencia de 1345. Su denominación podría proceder de un repoblador conocido como Pero Zancas (Pedro piernas largas).
Pocos años después, en 1199, Alfonso VIII otorga el señorío de la vecina villa de San Pelayo de Perazancas a la abadesa de San Andrés de Arroyo, la condesa Doña Mencía.
En 1351 en el Becerro de las Behetrías de Castilla, aparece como lugar de behetría de D. Nuño de Lara, su señor natural, al que dan anualmente seis maravedís. Al rey le corresponden en concepto de martiniega 60 maravedís, también le pagan moneda y servicios pero no fonsadera ni yantar. Asimismo dan anualmente al merino del rey dos maravedís.
La localidad se incluye en el Censo de Pecheros que ordena realizar Carlos I en 1528, dentro de la Tierra de Herrera de Pisuerga, con 39 vecinos.
Mediado el siglo XVI, la jurisdicción civil y criminal era compartida entre el condestable Pedro Fernández de Velasco, señor de Herrera de Pisuerga, y el monasterio de San Andrés de Arroyo, lo que ocasionó diversas disputas y pleitos entre ambos.
La iglesia de Perazancas figura en 1589 incluida en el arciprestazdo de la "Hojeda", atendiendo a 52 almas.
El Catastro de Ensenada indica, en 1752, que el pueblo es de señorío y la jurisdicción la tienen el Duque de Frías y el Real Monasterio de San Andrés de Arroyo, aunque no pagan ningún maravedí por razón de señorío. La población la forman 80 vecinos, entre los que se incluyen los eclesiásticos y las viudas, contadas cada dos como uno. El núcleo urbano está formado por 60 casas, una de ellas inhabitable por estar arruinada.
En 1768, el número de habitantes asciende a 294, desglosados entre 151 varones y 143 hembras.
Desciende la población en 1787 a 253 habitantes, que distribuyen por ocupaciones en 28 jornaleros, 14 labradores, 8 comerciantes, 7 criados, 6 fabricantes, 6 artesanos y 2 militares; además de un estudiante, un beneficiado, un teniente de cura, un sacristán y un ordenado a título de patrimonio. Los 177 restantes son menores o sin profesión específica.
Sebastián Miñano, en 1828, da la cifra de 184 habitantes, 55 vecinos, mientras que en 1850, Pascual Madoz indica la presencia de 42 vecinos, 218 almas, así como la existencia de 48 casas, mayoritariamente de mampostería, una fábrica de harina y dos molinos harineros.
De la fortaleza que existió en su término y que se recuerda en la copla:
que estás mirando al Dentero
que tienes más plata y oro
que hay de Madrid a Toledo
Hoy no queda ningún rastro físico, tan sólo el nombre de los pagos El Castillo y Castillo Fuentearbeja, así como el camino del Castillo que recuerdan su existencia.
La iglesia parroquial de la Asunción, es románica del siglo XII y pudo formar parte de un monasterio benedictino dependiente de Sahagún. Frente a la misma se encuentra una casa señorial en la que destaca la moldura que adorna una ventana.
Junto a la carretera y cercana al pueblo se encuentra la ermita románica de San Pelayo de Perazancas que data, según la lápida de consagración, de 1076. La fachada presenta capiteles y columnas mozárabes, quizás de un edificio anterior. En su interior destacan los frescos románicos del siglo XII.