El primer testimonio de la existencia de Aguilar se encuentra en el año 1039 con motivo de las donaciones al Monasterio de Santa María.
Don Fernando Núñez de Lara, protegido de Alfonso VIII, domina en 1183 Aguilar de Campoo, Abia de las Torres y Herrera de Pisuerga, entre otras localidades.
El 4 de agosto de 1184 se celebró en la localidad la Junta General del Reino con asistencia de todos los obispos de Castilla y el Consejo Real.
Alfonso VIII poseía la villa en 1204, favoreciéndola bastante. En esa época se extendió por el llano y se edificó la iglesia de San Miguel. A su muerte, corresponde la población a Fernando II, quién se la ofrece en arras a su tercera esposa, lo que provoca que Alfonso IX de León sitie el castillo al pertenecer la villa a su madre política. El alcaide Marcos Gutiérrez, resistió heroicamente viéndose finalmente obligado a entregar la fortaleza por la falta de agua y víveres debido al largo asedio. Conmovido por su tenaz resistencia y valentía el rey Alfonso IX le devolvió el castillo.
El 14 de mayo de 1255 Alfonso X el Sabio la otorga el primer Fuero Real y la condición de villa realenga, lo que hizo se constituyera en cabecera de una de las 19 merindades menores del Adelantamiento Mayor de Castilla.
A partir de 1332 Alfonso XI concede el señorío de Aguilar de Campoo al primer hijo varón nacido de su matrimonio con Doña Leonor de Guzmán, y al fallecimiento de este seis años más tarde, a Don Tello, quien lo conserva hasta su muerte en 1370, aunque en 1358 tuvo que escapar a Vizcaya cuando su hermano, el rey Pedro I "El Cruel", intenta matarlo.
Los vecinos a mediados del siglo XIV pagan al rey monedas, servicios y fonsadera, mientras que el yantar únicamente lo pagan si come en la localidad. Por su parte, Don Tello como señor recibe 2.100 maravedís en concepto de martiniega e infurción, de los que el abad de Aguilar se lleva 210 por diezmo. Recibe otros 600 maravedís por yantar y los 3.000 del portazgo se reparten entre 1.200 para Don Tello y 1.800 para la abadesa de San Andrés de Arroyo por privilegio Real. Por la escribanía de Aguilar obtiene 3.000 maravedís y 400 por la renta de las caloñas de las aldeas de la villa.
En en los últimos años del enfrentamiento fratricida entre Pedro I y Enrique II, las tropas mercenarias inglesas al mando del Príncipe Negro que apoyan al primero, saquean la aljama judía en represalia por el impago de la soldada.
A Don Tello le sucede por privilegio dado en Sevilla en 1371 su hijo Don Juan Tello, y a este su primogénito también de nombre Juan, que muere siendo niño, por lo que pasa el señorío a su hermana Doña Aldonza, quién se casa en 1396 con Garci Fernández Manrique, al cual en 1420 el rey Don Juan le concede el título de Conde de Castañeda.
Los Reyes Católicos otorgan en 1480 a su hijo, Don Juan Manrique, la facultad de fundar mayorazgos, creando uno en 1484 a favor de su primogénito Garci Fernández Manrique, en el que incluye el condado de Castañeda, la villa de Aguilar de Campoo y el oficio de merino de la Merindad de Aguilar de Campoo.
En octubre de 1517, el Rey Carlos I, en su primer viaje a España para tomar posesión de las coronas de Castilla y Aragón, se hospeda durante cinco días en el palacio que tiene en la localidad el Marqués de Castañeda, Luis Fernández Manrique. Volvería de nuevo a Aguilar de Campoo cinco años más tarde, convertido ya en el Emperador Carlos V.
La población en 1528 se estima en 270 vecinos, aunque en el Censo de Pecheros confeccionado ese año solo se indica la cantidad de 100 ya que tienen privilegio para no pagar más que por esta cantidad.
El "Libro de los repartimientos de los ocho millones", confeccionado a finales del siglo XVI, indica la existencia en la localidad de 378 vecinos, de los que 350 son pecheros, 24 clérigos y 4 religiosos, sin figurar ningún hidalgo en el vecindario.
Con la extinción en 1662 de la línea familiar de los Manrique, el señorío de Aguilar pasa por diversas casas nobiliarias, hasta acabar en poder del Marqués de Villena.
Según los datos recogidos en el catastro de Ensenada, confeccionado en 1751, la villa y la granja Grijera, considerada como su arrabal, dispone de 308 casas, de las que 8 son inhabitables y 24 están arruinadas. En el campo hay otras 5 casas aunque 2 en ruinas. La población asciende a 290 vecinos (familias), entre los que se incluyen los eclesiásticos y se regulaban, como es normal en esta época, dos viudas como un vecino.
En el mes de noviembre de 1808 las tropas francesas ocupan y saquean la villa durante quince días, causando grandes daños en especial en el Monasterio de Santa Clara que fue quemado, dejando tras su marcha una guarnición de 400 hombres, superior en número a la de Palencia.
A mediados del siglo XIX la población cuenta con 618 habitantes, equivalentes a 186 vecinos, repartidos entre las 293 casas que forman el casco urbano. Dispone además de 7 posadas.
Durante la Guerra Civil varias localidades del término municipal de Aguilar están en la zona nacional, otras en el bando republicano y alguna queda en tierra de nadie.