En la antigua ciudad vaccea de Avia, citada por Ptolomeo, se cruzaban la vía romana que unía Osorno con Carrión de los Condes y Saldaña con el camino que desde Herrera de Pisuerga se dirigía a Población de Campos.
La localidad, al igual que la cercana de Castrillo de Villavega, tuvo una especial importancia estratégica en el siglo X al estar situada sobre una colina existente en el margen derecho del río Valdavia, desde la que se dominaba su vado natural.
En su parte más elevada, existió un castillo del que, según afirma Pascual Madoz, a mediados del siglo XIX aún se conservaba un paredón, y en 1885 Quadrado menciona la existencia de los "escasos restos de un castillo del marqués de Montealegre". Hoy su emplazamiento se ha convertido en un mirador desde el que es posible contemplar unas amplias vistas de la cuenca alta del Valdavia.
Aún permanece el antiguo palacio de los Marqueses de Aguilar, con dos escudos en los que aparecen sus armas. La colocación de los mismos boca abajo, puede deberse de la reforma realizada en 1857 en la vivienda.
En la primera mitad del siglo XI Abia de las Torres era cabeza de un condado que junto con Carrión, Monzón y Melgar de Fernamental, tenía soberanía en Campos. Su castillo se menciona por primera vez en 1014 con Formarigo Sendinez como "mandante". El magnate Gómez González, del linaje de Lara, ostenta el título de conde en 1087. En 1130, Alfonso VII a petición del conde Rodrígo Gómez, otorga fuero a la villa. El conde Nuño Pérez, del mismo linaje, aparece como tenente en 1171 de Abia y de San Román.
Doña Urraca funda en 1280 el monasterio de monjas bernardas de Santa María de los Barrios de Abia dependiente de las Huelgas Reales de Burgos. En 1610 debido a la insalubridad del lugar se trasladan a Santo Domingo de Silos.
En 1298 Abia de las Torres es villa de behetría de mar a mar, eligiendo sus habitantes como señor a Garci Fernández Manrique, asimismo señor de Amusco, Piña de Campos y las Amayuelas. Le sucede su hijo, de igual nombre, en cuyo poder está el castillo en 1333 cuando es tomado por gentes de don Juan Núñez que lo usan para hacer daño en la comarca. Cercado por Alfonso XI, sus ocupantes hacen pleitesía al rey y le ceden la fortaleza que es entregada de nuevo a García Fernández Manrique. Ese mismo año, aprovechando que el soberano está ocupado con el sitio de Gibraltar, don Juan Núñez vuelve a tomar el castillo, que es derribado en 1335 como consecuencia de estas luchas.
Nueve localidades de behetría cercanas, de las que aún existen Fuente Andrino, Villadiezma, Villaherreros y Villasarracino, pagaban fumazgo al castillo de Abia según el Becerro de las Behetrías. En el mismo se indica que era señorío de don Tello, otorgado por su padre el rey Alfonso, al que pagaban servicios y monedas al haber sido anteriormente behetría, aunque no pagaban yantar. Don Tello, como señor, recibía doce dineros.
En el último tercio del siglo XIV la villa aparece incorporada al señorío de Aguilar como posesión de don Tello, hermano de Enrique II. Tras su muerte le sucede, por privilegio real de 1371, su hijo Juan Tello y a este su hija Aldonza que casa con Garci Fernández Manrique, cuarto del mismo nombre, con lo que Abia de las Torres vuelve de nuevo a los Manrique de Lara.
El 29 de octubre de 1517 llega a la localidad, procedente de Herrera de Pisuerga, el rey Carlos V. Pasó la noche pobremente alojado en el palacio de los Marqueses de Aguilar y al día siguiente continúa viaje hasta Revenga de Campos donde pernocta en una casa de campo rodeada de agua a la que se accedía a través de un puente levadizo.
Según datos de 1528 contaba con 77 vecinos pecheros, mientras que el censo de 1591 recogía 84 vecinos, de los que 75 eran pecheros, 3 hidalgos y 6 pertenecian al clero secular. En ese siglo la localidad aparece incluida en la merindad de Monzón y eclesiásticamente es cabecera del Arciprestazgo de Abia.
Consta en 1752 como villa de señorío del Marqués de Aguilar, con 110 vecinos, entre los que se incluyen 11 viudas contadas cada dos como un vecino. Salvo dos vecinos que viven en los molinos y otro en la ermita de Nuestra Señora de Barruelo, el resto se reparten entre las 120 casas habitables que forman el núcleo urbano, además hay otras 7 arruinadas de las que unicamente queda el solar.
En 1789 Abia de las Torres está incluida en el partido de las Nueve villas, como villa de señorío secular con alcalde ordinario que es elegido por el Marqués de Villena.
A mediados del siglo XIX cuenta con 180 casas, casi todas de tierra y adobe, con la excepción del palacio de marqués de Montealegre, para una población de 200 vecinos, 424 almas.
La iglesia parroquial esta dedicada a la patrona de la villa, Nuestra Señora de la Asunción. En la fecha de su construcción, 1776, sólo se conservaba la torre de un templo anterior del siglo XV. En su interior se conserva una pila bautismal románica procedente del despoblado de Villataud. A medio kilómetro, del otro lado del río, se encuentra la ermita de la Virgen de Barruelo.