Alfonso VIII, en 1188, incluye la villa en la dote de su hija Berenguela, perteneciendo durante el siglo XIII, a las reinas doña Beatriz de Suavia y doña Violante. En 1297 se encuentra bajo el dominio del infante don Juan, sublevado contra Fernando IV. Este ofrece la villa a la ciudad de Palencia, si logra tomarla, cosa que no consigue, al permanecer en poder de Juan Nuñez de Lara, aliado del infante rebelde. En diciembre de 1299, tras un asedio de cuatro días y ante la inminente llegada de la reina doña María de Molina, madre del rey, Juan Nuñez escapa a Torrelobatón. Dos años más tarde entrega, a cambio de su libertad, la villa fortificada a la corona.
Pertenece posteriormente a María de Portugal, esposa de Alfonso XI, y sobre 1338 por mediación de la reina pasa a Juan Alfonso de Alburquerque que la conserva hasta 1354 en que se subleva contra el rey Pedro I que conquista la villa. Tres años antes el Becerro de las Behetrías indica que pagan al rey servicios y monedas, pero no fonsadera. Asimismo le pagan yantar si acude a la localidad, mientras que el señor le pagan 3.000 maravedís por martiniega y 600 anuales por yantar, además de cuatro dineros por cada casa en concepto de infurción y 6 cargas de pan el que tiene heredad.
La muerte de Pedro I, en la guerra civil que le enfrenta con Enrique II, supone el paso de estas posesiones al infante don Sancho, hermano del rey Enrique II. En 1383 es entregada por Juan I a Juan Alonso de Baeza.
A principios del siglo XV pertenece al obispo de Palencia, Sancho de Rojas, que dona la villa a su sobrino Pedro García de Herrera casado con María de Ayala. En 1419 consigue de Juan II privilegio para instituir mayorazgo con la villa.
Le sucede a su muerte ocurrida en 1457, su hijo García López de Ayala, que estaba casado con María Sarmiento. Desde 1461 estos señores construyen la parte principal del actual castillo, colocando los escudos de Herrera, Ayala y Rojas, que decoran los frisos de las habitaciones principales. Tras su fallecimiento en 1485, pasa a su hijo Pedro Ayala y Rojas, conde de Salvatierra (Alava) quien debe litigar contra su madre por el señorío.
En 1521, durante la guerra de las comunidades, el conde de Salvatierra toma partido por el bando comunero, lo que hace que el castillo fuera tomado por los realistas al mando de Francés de Beaumont. Posteriormente los comuneros, al mando de Padilla y el obispo Acuña, y tras cuatro días de asedio, consiguen reconquistar la fortaleza, al obligar a los defensores a salir en busca de refugio en el vecino castillo de Torremormojón.
Derrotadas las tropas comuneras, en 1522 Carlos I confisca el castillo, y pese a la promesa de no devolverlo a don Pedro de Ayala ni a sus sucesores, ni de enajenarlo, en 1525 es vendido al hijo del conde rebelde en veinte mil ducados. Tres años más tarde los 465 vecinos pecheros pagan a la corona 83.670 maravedís en concepto de servicio.
Al agotarse la línea primogénita de los Ayala, pasa en 1597 a poder de Francisco de Sandoval y Rojas, futuro duque de Lerma y valido de Felipe III, que coloca su escudo de armas en la puerta principal y convierte la armería en la pieza principal del castillo. En 1602 le concede el título de Conde de Ampudia.
El Conde de Gomera figura a mediados del siglo XVIII como señor de la villa, que cuenta con cuatrocientos sesenta vecinos, entre los que se incluyen los eclesiásticos y las viudas, contando en ambos casos cada dos por un vecino. Había unas quinientas casas, incluidas unas sesenta en situación de arruinadas e inhabitables.
Según datos eclesiásticos en 1589 Ampudia cuenta con 679 parroquianos, mientras que en 1591 son 719 los vecinos, de los que 674 son pecheros, 17 hidalgos y 23 pertenecen al clero secular.
En 1712 cuenta con 519 vecinos entre los que se incluyen 85 viudas consideradas cada dos como un vecino y 239 pobres, además de 58 mendicantes y 7 hidalgos que están exentos de cargas. Atendiendo al elevado número de pobres la localidad queda cargada por 510 vecinos.
Según el censo de 1768 la localidad cuenta con 2.130 habitantes, de los que 1.008 son hombres y 1.122 mujeres. Poco después, en 1771, existen 9 cofradías en la localidad, siendo la más importante la de Nuestra Señora de Arconada que celebra diferentes funciones y novenarios de misas con un gasto anual de 3.032 reales.
Ampudia aparece en el censo de 1787 como señorío de la Marquesa de Bélgida, con una población de 808 varones y 795 mujeres para un total de 1.603 habitantes. Por profesiones señalar que hay 295 jornaleros, 101 criados, 87 labradores, 75 artesanos, 33 curas, 25 estudiantes, 18 comerciantes, 14 fabricantes, 6 hidalgos, 6 acólitos, 4 dependientes de cruzada, 3 escribanos, 2 tenientes de cura, 2 abogados, 2 dependientes de inquisición, 1 sacristán, 1 empleado de sueldo real, 1 militar y 1 síndico de ordenes religiosas. Además existe un convento de frailes con 12 profesos, 4 legos y 2 donados.
Durante la guerra de la independencia los franceses, al mando del mariscal Bessieres, ocupan la localidad y el castillo. Más tarde son las tropas del Duque de Wellington las que se establecen en Ampudia en 1813.
La población alcanza en 1828 los 500 vecinos, 2.168 habitantes, aunque según datos oficiales de 1843 son 330 los vecinos, de los que 197 tienen derecho a voto. A mediados de siglo figuran 1.836 habitantes, 353 vecinos, con un caserío de 500 casas, ayuntamiento, pósito, escuela para niños y niñas, hospital de beneficencia con 8 camas y casa mesón municipal. Además de la actividad agrícola y ganadera, dispone de 12 telares para la confección de lienzo basto y estameñas que utilizan 9 meses al año, y numerosas yeseras que aunque producen poco tiene salida en los pueblos vecinos.
En 1874 el vecindario desciende a los 1.770 habitantes, se mantienen las 500 casas y además se contabilizan 360 bodegas. Tres años más tarde la población de derecho es de 1.418 habitantes, formada por 713 hombres y 705 mujeres.
Asciende a 1.445 el número de habitantes en 1881, año en el hay dos escuelas, una para niños y otra para niñas. Mantiene como industria la fabricación de yeso que ocupa a 800 operarios.
La villa está declarada Conjunto Histórico Artístico de interés nacional desde 1965.