Fue uno de los castillos situados más al Norte de la provincia desde el que se dominaba la sinuosa vía que enlazaba Cervera de Pisuerga con Guardo, por la actual Ruta de los Pantanos.
El documento más antiguo en el que se menciona la localidad data del año 932 y corresponde a la donación de Santa María de Lebanza por parte del conde de Liébana Alfonso.
Por el tratado de Medina de Rioseco de 1181 se fijaba la línea fronteriza entre los reinos de Castilla y León de acuerdo con los límites señalados en el testamento de Alfonso VII para evitar hostilidades entre ambos reinos. La de "Sanctum Iohannem de Resoa" fue una de las fortalezas puestas en manos de los maestres de Santiago y del Hospital como garantía de paz, al igual que las de San Román de Entrepeñas y Saldaña.
Años después, tras la firma el 20 de abril de 1194 del tratado de Tordehumos por parte del rey castellano Alfonso VIII y del leones Alfonso IX para poner fin a las disputas fronterizas entre ambos reinos, se ceden temporalmente a la orden de Calatrava las fortificaciones castellanas de Cubillas de Duero, Villanueva, Santibáñez de Resoba, San Román de la Peña y Tremaya.
A comienzos del siglo XIII Gonzalo Ruiz Girón custodia el castillo, continuando en poder de la misma familia tras la unificación de ambos reinos por parte de Fernando III el Santo, mientras que a mediados de siglo pertenece a don Tello.
La fortaleza, que fue cabeza del Alfoz de Resoba, se encontraba ubicada en el pico conocido como Castro de San Juan, a 1351 metros de altura, cercana a la localidad. Actualmente no queda ningún resto visible ya que probablemente las piedras de sus muros se reutilizaron en las construcciones de la localidad que surgió a su amparo.
Figura la población como "Santiuañez" en el censo de 1528, incluida en el Condado de Pernía y Tierras de Castrejón, con 18 vecinos pecheros. En lo eclesiástico pertenece al obispado de León, arciprestazo de Triollo, donde en 1587 aparece con 30 vecinos.
En 1712 la jurisdicción de Cervera, formada por la cabecera y otros 38 lugares entre los que se incluye Santibáñez, cuenta con 872 vecinos además de 118 hidalgos.
A mediados del siglo XVIII, en las Respuestas Generales del Catastro del Marqués de la Ensenada, indican que pertenece a la jurisdicción de Cervera, señorío secular del conde de Siruela, al que pagan anualmente 47 reales y 6 maravedís, en concepto de infurción. El vecindario lo forman 46 vecinos además de 11 viudas, con un casco urbano formado por 39 casas habitables y una inhabitable.
La población en 1769 está formada por 234 habitantes, de los que 127 son varones y 107 mujeres. Por esa fecha la localidad cuenta con 2 cofradías, la de San Juan y San Bartolomé y la de San Sebastián que celebran anualmente diferentes misas.
Aparece la localidad como Santibáñez en el Censo de Floridablanca de 1787, como lugar de señorío secular del conde de Siruela, con regidor pedáneo y 183 habitantes, 84 hombres y 99 mujeres. Con ocupación específica figuran 18 labradores, 3 jornaleros, 1 estudiante y 1 cura.
Ya en el siglo XIX, se indica un vecindario de 256 habitantes equivalentes a 59 vecinos, en 1828, posteriormente datos oficiales de 1843 indican únicamente 39 vecinos todos electores.
Pascual Madoz en 1850 reseña que pertenece a la diócesis de León y cuenta con 30 casas que se agrupan en torno a dos barrios, ayuntamiento y escuela a la que acuden 34 niños de ambos sexos, con una población de 17 vecinos, 88 almas, aunque poco después el censo de 1857 refleja 210 habitantes, de los que 107 son hombres y 103 mujeres.
Por su parte, Becerro de Bengoa indica en 1874 la existencia de 180 habitantes y 39 casas, que según el censo de 1877 descienden a 173, 104 varones y 69 mujeres, y datos de la diócesis de León en 1882 aumentan a 266 almas.
La iglesia parroquial está dedicada a San Cristóbal y se encuentra ligeramente separada del pueblo. Cuenta con una espadaña tardogótica de dos cuerpos con una mejor labra en el superior en el que dispone de dos vanos para las campanas. Su construcción se estima sea del siglo XIII. Desde la iglesia se tiene una magnífica vista del Valle Estrecho al que domina.