Durante la primera Guerra Carlista, se fortifican una serie de localidades donde actúa el ejército o las partidas carlistas, con el fin de un mejor control del territorio, defensa de la población, hostigamiento en caso de ocupación de la población por parte del enemigo y de descanso seguro de los destacamentos ante las incursiones a caballo del enemigo, que inicialmente carecía de artillería.
No se trataba de la construcción de edificios nuevos, sino de aprovechar los ya existentes añadiéndoles elementos de la arquitectura militar, se amurallan recintos, se reducen las entradas, se emplazan piezas de artillería y puestos fusileros.
Constituida la localidad en un punto frecuente de concentración carlista, contaba con una guarnición militar isabelina que en 1835 oscilaba entre 50 y 60 hombres acuartelados en el Hospital, situado en un extremo del pueblo, que había sido fortificado además de cerrar las calles con puertas y traviesas. El incendio del mismo en Navidad de 1835 redujo el espacio fortificado a la casa del Ayuntamiento.
Al año siguiente se empezó a fortificar el convento de San Agustín, ya utilizado como cuartel por las tropas francesas en la Guerra de Independencia. En abril de 1838 se vuelve a la casa del Ayuntamiento. La entrada de los carlistas en la villa hace que la guarnición de 20 hombres se pase al enemigo. Posteriormente una partida de carlistas rezagados incendia el convento.
Una vez recuperada la localidad por los liberales, se manda construir un nuevo fuerte por parte del comandante general de Palencia.
En el Centro Geográfico del Ejército se conserva el croquis del mismo realizado por el capitán Rafael Medina en 1838, mientras que la información para interpretar las claves que aparecen en el croquis se encuentran en un documento del jefe de la Comandancia de Ingenieros de Palencia, Francisco Marrón, encontrado en el Archivo General Militar, que lo describe de la siguiente manera:
“El fuerte de Cerbera que consta de la iglesia y varias casas intermedias, esta situado al estremo Norte poniente del pueblo, a la izquierda de un cerro bastante elevado al cual cae hacia el poniente y su cumbre distará de dicho fuerte unas 400 o 500 varas. Por el lado de oriente esta en parte rodeado el fuerte de peñascos inaccesibles como se representa en el croquis”.
Además de la iglesia y sus dependencias, se incluyen en el recinto la panera, la casa del cura y la Casona, comunicadas entre sí por un camino cubierto con tapias con aspilleras. Junto a la iglesia también se levantan tapias aspilleradas en la parte que da al cerro así como varios fosos de 7 pies de profundidad y entre 14 y 15 de anchura.
Igualmente se levantan varios tambores junto a la Iglesia y uno junto a la Casona. La entrada se realizaba por una única puerta situada un poco más debajo de la Casona y que daba acceso al camino cubierto.
Para la construcción de los elementos añadidos a la fortificación, puerta de entrada, tapias, tambores de defensa, caminos cubiertos, etc., se utilizan piedras procedentes del convento de los Agustinos.
Todos estos añadidos, una vez terminada la contienda, son demolidos, reaprovechando el material para otras obras. En 1845 en la descripción que Pascual Madoz hace de Cervera de Pisuerga, no se menciona el fuerte pero lo que es de suponer que ya había desaparecido por completo.
En la provincia de Palencia también se fortificaron en las mismas fechas y con los mismos criterios las localidades de Aguilar de Campoo, Saldaña y Carrión de los Condes.