Santibáñez de Ecla se localiza en un valle de la comarca de la Ojeda, a poco más de 9 kilómetros de Alar del Rey.
El primer documento conocido que menciona la localidad corresponde a la donación que en 1125 realiza el conde Gonzalo Núñez de Lara a doña Mencia, fundadora del cercano Monasterio de San Andrés de Arroyo. Según M. A. García Guinea, dono el castillo y valle de Santibáñez de Ecla.
De esta fortificación perdura el nombre de Montículo del Castillo, promontorio pétreo donde actualmente se levanta la iglesia de San Juan. El templo tiene unida al muro sur una torre con pasadizo, que recuerda al de Vallespinoso de Aguilar, que podría haber pertenecido a la antigua fortaleza.
Con el nombre de "Santiuañez Decla" aparece en 1345 en el Becerro de los Beneficios de Palencia, donde en su iglesia de "Sanct Johan" ha de haber un preste y tres graderos. Posteriormente el Becerro de las Behetrías informa que pertenece a la Merindad de Monzón, y es lugar de abadengo del monasterio de San Andrés de Arroyo al que pertenece desde antiguo, tienen privilegio real por el que están exentos de pagar pechos al Rey aunque tienen que hacer sernas a la abadesa y la pagan infurción. En 1528 aparece incluida en la Tierra de Herrera de Pisuerga con 20 vecinos pecheros.
A finales del siglo XVI según los datos eclesiásticos del Obispado de Palencia Santibáñez se incluye en el Arciprestazgo de la Ojeda, y cuenta con 32 feligreses. Dos años más tarde, en 1591, el número de vecinos asciende a 25, de los que 24 son pecheros y el otro es clérigo.
En 1631 solicitan 10,5 fanegas de sal para consumo del año, cantidad que coincide con la que tienen en un concierto de suministro, aunque era normal escriturar una cantidad superior.
Según los datos recogidos en el Catastro de Ensenada confeccionado en 1752, la localidad es de señorío y abadengo. Pertenece al Duque de Frías, señor de la cercana Herrera de Pisuerga en la que pone al Alcalde Mayor, que a su vez es el juez ordinario de Santibáñez de Ecla.
Percibe las alcabalas por las que ingresa anualmente 565 reales y 2 maravedís, además de otros 16 reales en que valoran la parte que le corresponde de las tercias y su conducción que es por cuenta del común. Asimismo percibe dos novenos de las tercias que corresponden al trigo, cebada, centeno y otros menudos que se diezman y entran en la cilla común.
La localidad también es de abadengo y pertenece al Real Monasterio de San Andrés de Arroyo. En su nombre la abadesa tiene la jurisdicción ordinaria alternando con el Duque de Frías. Percibe anualmente veinte celemines en concepto de infurción; ciento cincuenta huevos, cuatro gallinas, un carnero y seis reales por vasallaje; y por servicios veinte reales anuales por cada vecino, diez en el caso de las viudas.
El número de vecinos asciende a sesenta y dos, entre los que se incluyen el cura del lugar y ocho viudas que se cuentan por medio vecino cada una. Además hay cinco residentes no avecindados. El casco urbano está formado por setenta y cinco casas, dos de ellas inhabitables, además de un solar. La taberna es el único establecimiento comercial que existe en la localidad y se encuentra situada en la casa del concejo.
Les asiste como médico Juan José Gadeo, titular del monasterio de San Andrés de Arroyo, a quien pagan la cantidad de cien reales y cuatro carros de leña anuales, valorados en diecisiete reales. También cuentan con Bernardo Izquierdo, cirujano de Perazancas, con un salario anual de doscientos cincuenta reales, que mantiene por oficial en la localidad a Pedro Amo, que asimismo es el sacristán y a quien paga doscientos reales.
Como herrero esta Juan Ruiz, residente en La Vid, a quien pagan los labradores una carga de trigo. Pedro Pérez, vecino de la localidad, es sastre y tiene como oficial a su hijo Simón. Hay contratados tres pastores naturales de otras localidades.
Santibáñez de Ecla cuenta con siete maestros tejedores, que emplean principalmente a familiares para los puestos de lanzaire y canillero. También cincuenta vecinos son cardadores, entre los que se incluyen dos viudas, de los que dieciocho tienen comercio y se dedican a vender en Asturias los paños que producen y compran en la población. Hay además dos tundidores, un tejedor de lienzos y diez fabricantes de telas de lienzo entre los que se encuentra Tomás Pérez, cura de la localidad.
En su término municipal, en el cauce del arroyo que baja de Villaescusa, se levantan dos molinos harineros, ambos de una sola rueda, que debido al escaso caudal unidamente muelen un par de meses en invierno. Se denominan de Arroyo y del Vega, y la propiedad está repartida entre varios vecinos de la localidad junto con un vecino de Prádanos el primero, y un par de asistentes del monasterio el segundo. Calculan un rendimiento de cinco fanegas, mitad de trigo y de cebada, cada uno.
El vecindario en 1768 lo forman 284 personas, de las que 135 son hombres y 149 mujeres. En él se incluyen las 36 monjas bernardas, y el personal del monasterio.
Pocos años después, en 1787, Santibáñez aparece como señorío señorial, sujeta al Alcalde Mayor de Señorío de Herrera de Pisuerga, con una población de 187 habitantes, 86 varones y 101 mujeres. Por ocupaciones hay 18 jornaleros, 13 fabricantes, 7 labradores, 4 criados, 3 estudiantes, 1 escribano y 1 militar. Eclesiásticos están el cura, el teniente de cura y el sacristán.
Aparece en el Diccionario de Sebastián Miñano de 1828 como Santibáñez, en el partido de Carrión, valle de Ojeda, con una población de 36 vecinos, 180 habitantes.
A mediados del siglo XIX la localidad con 161 habitantes, computados como 31 vecinos, está incluida en el partido judicial de Cervera de Pisuerga. El casco urbano lo forman 40 casas, el ayuntamiento y la iglesia de San Juan Bautista. Como escuela se usa el edificio del ayuntamiento, donde acuden 16 niños. En el interior del caserío dos fuentes de buenas aguas permiten surtir al vecindario.
La localidad es el lugar de reunión del Arciprestazgo de la Ojeda, hasta que en 1859 se acuerda el traslado a Prádanos de Ojeda.
Según datos de 1886, el ayuntamiento de Santibáñez de Ecla, al que están agregados el monasterio de San Andrés de Arroyo y Villaescusa de Ecla, cuenta con 337 habitantes y 121 edificios, de los que 27 están inhabitados. El casco urbano de Santibáñez lo forman 60 edificios entre los que se incluye el ayuntamiento y la iglesia. A la escuela acuden 20 alumnos de ambos sexos y se mantiene de fondos municipales. Pertenece en esta fecha al partido judicial y arciprestazgo de Cervera y cuenta con un presupuesto de 1.244 pesetas.
Destacar en la localidad la mencionada iglesia de San Juan, fechada en 1319.
No debe dejar de visitarse el monasterio de San Andrés de Arroyo, uno de los más bellos recintos artísticos del románico cisterciense del siglo XIII, en los que destacan su claustro y sala capitular. A la entrada del monasterio se encuentra un rollo jurisdiccional del siglo XV, recuerdo del poder de la abadesa en otras épocas. Es curiosa la coronación del tejado de la iglesia con la figura de un castillo, quizás recuerdo de otros tiempos.
